La stomatite aftosa è la patologia ulcerativa di più frequente riscontro nella mucosa orale, con un’incidenza variabile dal 20 al 66%. L’eziologia è sconosciuta, sebbene siano stati presi in considerazione vari fattori, favorenti o scatenanti, come il deficit di vitamina B12, di acido folico o ferro, le intolleranze alimentari (al cioccolato, alle noci, ai formaggi ecc.), le intolleranze a farmaci, gli stress emotivi o fisici, le modificazioni ormonali, i traumi locali, la predisposizione genetica, le malattie sistemiche (Enteropatia da glutine o Morbo Celiaco, Colite ulcerosa, Agranulocitosi, Neutropenia ciclica ecc.)
La stomatite aftosa si manifesta con ulcere del cavo orale che colpiscono in modo peculiare solo la mucosa non cheratinizzata. Il decorso clinico può essere suddiviso in quattro fasi:
una frase prodromica, caratterizzata da una sensazione di bruciore  pizzicore in assenza di lesioni orali (talvolta può mancare e non dura più di 24 ore);
una fase preulcerativa o eritematosa, caratterizzata dalla comparsa di lesioni eritematose maculari o papulari (non dura più di 24 ore);
una fase ulcerativa, in cui si ha la formazione di ulcere dolorose tondeggianti, a fondo giallastro e alone eritematoso;
una fase riparativa, in cui avviene la riepitelizzazione con restitutio ad integrum e scomparsa della sensazione dolorosa.
Da un punto di vista clinico, si distinguono due forme di aftosi: una minore e una maggiore.
La aftosi minore comprende tre tipi diversi di afte: afte volgari, recidivanti ed erpetiformi.
Le afte volgari sono ulcere ovali, di solito singole non raggruppate, dolorose, di diametro inferiore a 1 cm, ricoperte da una membrana fibrinosa bianco-giallastra e circondate da un alone eritematoso. Compaiono 2-4 volte all’anno e guariscono in circa una settimana. Si localizzano spesso nei fornici, in particolare in corrispondenza di frenuli.
Le afte recidivanti, clinicamente simili alle precedenti evolvono per poussees, di durata variabile da una a due settimane, in funzione di fattori (psicologici, alimentari, sistemici) in grado di sostenere le lesioni.
Le afte miliari o erpetiformi sono piccole ulcere numerose e raggruppate, spesso confluenti e distribuite sia sulla mucosa non cheratinizzata sia su quella cheratinizzata. Vengono definite erpetiformi per la somiglianza con lesioni erpetiche sebbene non siano precedute dalla comparsa di vescicole.
Numerosi autori hanno evidenziato una stretta correlazione tra stomatite aftosa ricorrente e il morbo celiaco.
Al gruppo dell’ aftosi maggiore si ascrivono le afte giganti e le forme sindromiche.
Le afte giganti sono ulcere di grandi dimensioni  (1-5 cm), con margini di solito irregolari, non induriti e circondati da un alone eritematoso;  il fondo è ricoperto da un essudato giallastro con base soffice. La guarigione richiede settimane o mesi, con frequenti recidive.
Le forme sindromiche si caratterizzano per l’associazione tra le classiche afte orali e lesioni in altri distretti corporei. In particolare, si associano con afte genitali o cutanee nell’ aftosi bipolare di Neumann,  genitali e oculari nell’aftosi tripolare di Behcet  e afte in varie sedi (oculare, articolare, cutanea, vascolare, digerente ecc) nell’aftosi multipolare di Touraine. Sono quadri tipici del paziente adulto.
La diagnosi è in genere clinica.